醫療之目的在於如何藉外在的輔助或治療來維持生命現象或改善生活上之便利性，因此、如何整合「工程」與「醫學」研究領域之相關性乃為首要之務。「醫學工程」乃結合醫學、機械力學、機電資訊、材料科學、生物科技等工程，故本所醫工領域乃經由本校醫工所與國防醫學院師資的結合，並配合三軍總醫院醫師的臨床經驗，進而培養兼具工程技術與醫學知識的醫學工程人才，以促進國內醫工產業之發展，並提昇經濟與照顧國民醫療福祉。目前研究領域如下：生醫材料、植牙工程、組織工程、醫學機電工程、醫學訊號影像、人工骨骼植體、復健工程及輔具設計、藥物釋放材料與新藥合成等。